著書
・『前近代東アジアにおける〈術数文化〉』
（水口, 幹記(担当:編者(編著者)) 勉誠出版 2020年3月）
・『古代日本と中国文化 受容と選択』
（水口 幹記 塙書房 2014年10月）
・『古代東アジアの「祈り」―宗教・習俗・占術―』
（水口 幹記(担当:編者(編著者)) 森話社 2014年9月）
・『渡航僧成尋、雨を祈る―『僧伝』が語る異文化の交錯』
（水口幹記 勉誠出版 2013年6月3日）
・『東アジア思想交流史―中国・日本・台湾を中心として―』
（黄俊傑, 藤井倫明, 水口幹記(担当:共訳) 岩波書店 2013年1月29日）
・『王朝時代の陰陽道』
（齋藤勵, 水口幹記(担当:共著) 名著刊行会 2007年6月21日）
・『日本古代漢籍受容の史的研究』
（水口幹記 汲古書院 2005年9月2日）
論文
・「京都大学人文科学研究所蔵『天地瑞祥志』第十二翻刻・校注（二）―「正月朔旦候風」「五音風」―」
（『藤女子大学国文学雑誌』104、藤女子大学日本語・日本文学会、pp1-20、2021年6月）
・「東アジア世界の中の陰陽道―〈術数文化〉の視点から― 」
（『現代思想』2021年5月臨時増刊号「陰陽道・修験道を考える」、青土社、pp122-135、2021年4月）
・「遣唐使の文学―往来する人々― 」
（染谷智幸編『東アジア文化講座1 はじめに交流ありき 東アジアの文学と異文化交流』、文学通信、pp65-74、2021年3月）
・「本書読解のひとつの道しるべ―〈日本はスゴイ〉のか」
（方法論懇話会編『療法としての歴史〈知〉―いまを診る―』、森話社、pp314-331、2020年12月）
・「古代東アジアの術数書について」
（細井浩志編『新・陰陽道叢書』第一巻（古代）、名著出版、pp531-566、2020年10月）
・「嵯峨遺詔の文化史的意義」
（木本好信編『古代史論聚』、 岩田書院、pp598-611、2020年8月）
・「陰陽道と呪符と東アジア」
（水口幹記 伊藤聡・吉田一彦編『日本宗教史』第三巻「宗教の融合と分離・衝突」、吉川弘文館、 pp69-99、2020年8月、招待有り）
・「『日本霊異記』所載の目盲説話をめぐって―その“政治的”側面について―」
（水口幹記 小山聡子編『前近代日本の病気治療と呪術』、思文閣出版、pp73-107、2020年4月 招待有り）
・「『家秘要録』『天変地妖記』の原本と成立について」
（水口幹記 藤女子大学文学部紀要 (57) 2020年3月）
・「〈術数文化〉という用語の可能性について」
（水口幹記 水口幹記編『前近代東アジアにおける〈術数文化〉』、勉誠出版、pp8-25、 2020年3月）
・「京都大学人文科学研究所蔵『天地瑞祥志』第十二 翻刻・校注―「風総載」「風期日」―」
（水口 幹記 名和敏光編『東アジア思想・文化の基層構造―術数と『天地瑞祥志』―』、汲古書院、pp177-195、2019年3月 招待有り）
・「祥瑞災異と改元」
（水口 幹記 仁藤敦史編『古代文学と隣接諸学３古代王権の史実と虚構』、竹林舎、pp312-340、2019年1月 招待有り）
・「関於伝到日本的術数書、占書」
（水口 幹記 古典文献研究 21(上) 、pp51-74、2018年11月 査読有り）
・「唐代印度天文学•咒術的影響与天竺僧人菩提僊那的渡日―以日本奈良時期対印度的認識為中心」
（水口 幹記 気賀澤保規・孫英剛主編『佛教史研究』（新文豊出版公司） 2、pp197-224、 2018年8月 査読有り）
・「災異改元のはじまり―醍醐朝の延長改元をめぐって―」
（水口 幹記 『日本歴史』 (842) 、pp1-16、2018年7月 査読有り）
・「出迎えられる僧―菩提僊那・行基・鑑真―」
（水口 幹記 加藤謙吉編『日本古代の氏族と政治・宗教』下、雄山閣、pp205-227、2018年3月 招待有り）
・「〈異文化理解〉について―これまでの「私」をふりかえる」
（水口 幹記 新川登亀男編『日本古代史の方法と意義』、勉誠出版、pp71-89、2018年1月 招待有り）
・「日本最早類書《秘府略》的編纂及其背景：通過対文人滋野貞主的考察」
（水口 幹記 『中正漢学研究』 (30) 、pp105-124、2017年12月 査読有り）
・「蘇民将来伝承の成立―『備後国風土記』逸文考―」
（水口 幹記 小峯和明監修・原克昭編『日本文学の展望を拓く３・宗教文芸の言説と環境』、笠間書院、pp87-103、2017年11月 招待有り）
・「絡み合うモチーフ―『大雲寺縁起』所載、成尋の日本での奇瑞をめぐって」
（水口 幹記 小峯和明編『東アジアの仏伝文学』、勉誠出版、pp687-719、2017年6月 招待有り）
・「『日本国見在書目録』誕生の素地・背景―書物の収集・伝来・受容を考える」
（水口 幹記 鈴木靖民・金子修一・田中史生・李成市編『日本古代交流史入門』、勉誠出版、pp509-521、2017年6月 招待有り）
・「学問と教育―講書と注釈行為」
（水口 幹記 河野貴美子・Wiebke DENECKE・新川登亀男・陣野英則・谷口眞子・宗像和重編『日本「文」学史』第二冊「文」と人びと―継承と断絶、勉誠出版、pp210-223、 2017年6月 招待有り）
・「続・東京大学史料編纂所蔵実相院本『大雲寺縁起』について―付、「大雲寺諸堂目録」「当寺名哲之系図」翻刻―」
（水口 幹記 『藤女子大学文学部紀要』 (54) 、pp1-20 2017年3月 査読有り）
・「書評：山下克明著『平安時代陰陽道史研究』」
（水口 幹記 『日本歴史』 (812) 、pp128-130、2016年1月 招待有り）
・「名古屋市蓬左文庫蔵『天文図象玩占』について―附・全文翻刻」
（水口 幹記 『国立歴史民俗博物館研究報告』 (198) 、pp205-247、2015年12月 査読有り）
・「京都大学人文科学研究所蔵『天地瑞祥志』翻刻・校注―「第一」の翻刻と校注（一）―」
（水口 幹記, 田中 良明 『藤女子大学国文学雑誌』 (93) 、pp17-46、2015年11月）
・「安倍吉平が送った「七十二星鎮」」
（水口 幹記 東アジア恠異学会編『怪異を媒介するもの』、勉誠出版、pp143-158、2015年8月 招待有り）
・「『日本霊異記』下巻第十九縁の構成と成立―「産み生せる肉団の作れる女子」は、なぜ「女子」なのか―」
（水口 幹記 『藤女子大学国文学雑誌』 (91・92) 、pp1-16、2015年3月）
・「東京大学史料編纂所蔵実相院本『大雲寺縁起』の紹介・翻刻」
（水口 幹記 小林真由美・北條勝貴・増尾伸一郎編『寺院縁起の古層―注釈と研究』、法蔵館、pp219-269、2015年3月 招待有り）
・「唐代におけるインド天文学・呪術の影響と菩提僊那」
（水口 幹記 新川登亀男研究代表『古代における南西アジア文化とヤマト文化の交流に関する調査・研究（総集編）―南天竺婆羅門僧正菩提僊那をめぐって―』 、pp55-175、2014年3月）
・「大安寺住侶記」
（水口 幹記 新川登亀男研究代表『古代における南西アジア文化とヤマト文化の交流に関する調査・研究（総集編）―南天竺婆羅門僧正菩提僊那をめぐって―』 59 – 83 2014年3月）
・「日本古代儒学的受容状況―以出土遺物為中心―」
（水口 幹記 域外漢籍研究集刊 (9) 、pp65-102、2013年7月 査読有り）
・「大安寺住侶記」
（水口幹記 新川登亀男研究代表『古代における南西アジア文化とヤマト文化の交流に関する調査・研究―南天竺婆羅門僧正菩提僊那をめぐって―』 、2013年3月 招待有り）
・「『源氏物語』と物忌」
（水口幹記 小嶋菜温子・倉田実・服藤早苗編『王朝びとの生活誌』、森話社、 2013年3月 招待有り）
・「日本古代における時間をめぐる二つの文化圏」
（水口幹記 時間学研究 (5)、 2012年6月 査読有り）
・「奈良時代の『日本書紀』読書―養老講書をめぐって―」
（水口幹記 新川登亀男・早川万年編『史料としての『日本書紀』』、勉誠出版、2011年10月 招待有り）
・「〈成尋伝〉への可能性」
（水口幹記 藤巻和宏編『聖地と聖人の東西』、勉誠出版、 2011年8月 招待有り）
・「日本呪符の系譜―天地瑞祥志・道蔵・日用類書―」
（水口幹記 武田時昌編『陰陽五行のサイエンス 思想編』、京都大学人文科学研究所、 2011年2月 招待有り）
・「情熱としての「民衆史研究」について」
（水口幹記 民衆史研究 (80) 、pp3-21、2010年12月 招待有り）
・翻訳：黄俊傑「中日文化交流史に見られる「自我」と「他者」―相互作用の四種の類型とその含意―」
（水口幹記 法政大学国際日本学研究所編『国際日本学研究叢書14転換期日中関係論の最前線―相互発展のための日本研究―』 、pp187-202、2010年10月30日）
・翻訳：趙益「古代占星記録「赤方気」の文献学的考察」
（水口幹記 立教大学大学院日本文学論叢 (10) 、pp267-275、2010年8月25日）
・「僧円能作成の厭符と彰子・敦成親王・道長への呪詛－日本古代呪符の系譜－」
（倉田実編『王朝人の婚姻と信仰』、森話社、2010年5月17日 招待有り）
・「関于敦煌文書（P2610）中風角関連的一個記事考察―参考『天地瑞祥志』等与風角有関的類目」
（張伯偉編『風起雲揚―首届南京大学域外漢籍研究国際学術研討会論文集』、中華書局、 pp578-589、2009年10月 招待有り）
・翻訳：張新朋「日蔵『開蒙要訓』断片考」
（水口幹記 汲古 (55) 、pp62-71、2009年6月 査読有り）
・「大津皇子詩と陳後主詩―「鼓声」をめぐって―」
（続日本紀研究 (378) 、pp17-32、2009年2月 査読有り）
・「祈雨に見る成尋の東密修法への関心」
（吉原浩人・王勇編『海を渡る天台文化』、勉誠出版、pp177-202、2008年12月 招待有り）
・「日本における〈占い〉をめぐる研究史－特に近年の研究成果を中心にー」
（東アジア文化環流 (2) 、pp1-20、2008年7月 査読有り）
・「『天地瑞祥志』に載る呪符」
（住吉大社編『遣隋使・遣唐使と住吉津』、東方出版、pp187-199、2008年6月 招待有り）
・「類書『稽瑞』と祥瑞品目－唐礼部式と延喜治部省式祥瑞条に関連して－」
（延喜式研究 (24) 、pp24-46、2008年3月 査読有り）
・「看雲論－以気象意識為中心」
（王宝平主編『中日文化交流史研究』、上海辞書出版社、pp213-225、2008年2月 招待有り）
・「戦前の陰陽道研究と歴史学」
（韓昇主編『古代中国：社会転型与多元文化』、上海人民出版社 pp454-467、2007年12月 招待有り）
・「『王朝時代の陰陽道』と陰陽道研究」
（斎藤励『王朝時代の陰陽道』、名著刊行会、pp196-250、2007年6月 招待有り）
・「日本珍蔵唐代佚書《天地瑞祥志》略述」
（文献、pp165-172、2007年1月 査読有り）
・「非唐人音博士の誕生－古代における唐認識再検討への覚書－」
（歴史評論 (680)、pp16-27、2006年12月 招待有り）
・「「風角」（風占）と風をめぐる日中の相異」
（日本歴史 (702)、pp1-16、2006年11月 査読有り）
・「奈良時代の言語政策－〈漢音〉学習を中心に－」
（日本文学、pp22-30、2006年5月 招待有り）
・「日本古代の文化受容と書物・読書」
（水口幹記 2004年9月15日 『天地瑞祥志』第一「二、明載字」翻刻・紹介と一、二の考察）
（21世紀COEプログラム『アジア地域文化エンハンシング研究センター報告集』Ⅱ、pp324-335、2004年3月 招待有り）
・「『令集解』戸令鰥寡条の構成と論理」
（早稲田大学古代文学比較文学研究所編『交錯する古代』、勉誠出版、pp155-167、2004年1月 招待有り）
・「 ＜雲を見る＞こと」
（増尾伸一郎・工藤健一・北條勝貴編『環境と心性の文化史』、勉誠出版、pp161-177 2003年11月 招待有り）
・「戸主の地位の継承」
（新川登亀男・早川万年編『美濃国戸籍の総合的研究』、東京堂出版、pp112-140、2003年1月 招待有り）
・「美濃国戸籍にみる嫡子（親子）相続と持統天皇」
（水口 幹記 展示図録『「ミノ」「カモ」の古代』、pp26-27、2002年9月 招待有り）
・「近世における『天地瑞祥志』の利用と衰退」
（王勇・久保木秀夫編『奈良・平安期の日中文化交流』、農山漁村文化協会、pp360-378、2001年9月 招待有り）
・「伊与部連家守と釈奠」
（延喜式研究 (17) 、pp1-26、2001年3月 査読有り）
・「日本古代における中国文化受容研究の方法試論－国文学の方法をいかに歴史学に援用するか-」
（ＧＹRATIV@（ジラティヴァ） (1)、pp 56-65、2000年5月）
・「古代日本と陰陽五行説」
（しにか 10(3) 、pp50-55、1999年12月 招待有り）
・「『革命勘文』における類書・図書の利用について－天文・祥瑞の典拠とその意味－」
（古代文化 51(4)、 1-14、1999年4月 査読有り）
・「延喜治部省式祥瑞条における『修文殿御覧』の利用について－延喜治部省式祥瑞条の構成（二）－」
（延喜式研究 (15) 、pp55-79、1998年12月 査読有り）
・「延喜治部省式祥瑞条の構成」
（日本歴史 (596) 、pp1-15、1998年1月 査読有り）
・「延喜治部省式祥瑞条の成立過程」
（史観 (137) 、pp51-65、1997年9月 査読有り）
・「藤原朝臣麻呂の祥瑞関与」
（早稲田大学大学院文学研究科紀要 41(4)、pp45-55、1995年2月 査読有り）